Rautakaudella Helsinki, kuten muukin Uusimaa kuului hämäläisten alueisiin. Pysyvästä hämäläisten asutuksesta ei toistaiseksi ole löytynyt merkkejä, mutta siitepölyanalyysien perusteella alueella on viljelty maata 900-luvulta lähtien. Sisämaan reitit merelle kulkivat Vantaanjokea ja Sipoonjokea pitkin. Orimattilan väestö osasi vielä myöhään kertoa kalastusmatkoistaan merelle ja vuodelta 1347 on säilynyt tieto, jossa mainitaan hattulalaisten ja hauholaisten alueella sijainneet kalastusnautinnat. Paikannimet kertovat yhä Helsingin hämäläisestä asutuksesta. Esimerkiksi Konala-nimen on tulkittu juontuvan nimestä Konhola, jolloin alueen asutus olisi alun perin peräisin Akaan pitäjän Konhon kylästä. Hämäläisten lisäksi myös virolaiset käyttivät rannikkoaluetta kalastukseen ja muuttoliike Suomenlahden eteläpuolelta oli pidempiaikainen ilmiö läpi aikojen. Ruotsalaiset tekivät 1200-luvun puolivälissä voitokkaan ristiretken hämäläisiä vastaan, jonka seurauksena Ruotsin valta ulottui Uudellemaalle ja alue kolonisoitiin kristityillä ruotsalaisilla. Tähän aikakauteen liittyy myös Vartiokylän linnavuori.

Varsinaisesti kaupunki perustettiin Kuningas Kustaa Vaasan toimesta Vantaanjoen suulle Forsbyn eli Koskelan keskiaikaisen kylän paikalle 12. kesäkuuta 1550. Kaupungin oli tarkoitus kilpailla Tallinnan kanssa kauppakaupunkina, ja kuningas määräsi Porvoon, Tammisaaren, Rauman ja Ulvilan porvarit muuttamaan Helsinkiin. Joen suuhaarojen väliseen saareen perustettiin kuninkaan­kartano vuonna 1551, ja kaupunkiin rakennettiin kirkko 1553. Ruotsi kuitenkin valloitti Pohjois-Viron ja Tallinnan vuonna 1561, mikä vähensi kuninkaan kiinnostusta Helsinkiin. Helsinki sai tapulioikeudet vuonna 1617, mutta kaupunki pysyi edelleen pienenä ja vaatimattomana, eikä siellä ollut 1640-lukuun mennessä enempää kuin muutama sata asukasta.

Vuonna 1640 Pietari Brahe siirrätti kaupungin meren äärelle Vironniemelle, missä nykyisin sijaitsee muun muassa Senaatintori. Helsinki oli pitkään lähinnä vain pienikokoinen Uudenmaan ja Hämeen läänin maaherran hallintokaupunki, mutta sen merkitys alkoi kasvaa, kun kaupungin edustalle ryhdyttiin vuonna 1748 rakentamaan Suomenlinnan linnoitusta. Linnoitustyöt toivat lisää asukkaita ja varuskunta vilkastutti kaupungin seuraelämää, kaupankäyntiä ja laivaliikennettä. Helsingin väkiluku oli 1800-luvun alussa kohonnut neljään tuhanteen asukkaaseen.

Suomen sodan aikana 1808 venäläiset valtasivat Helsingin, ja samana vuonna suuri tulipalo hävitti kaupunkia. Helsingistä tuli Suomen suuriruhtinaskunnan pääkaupunki vuonna 1812. Turun palon jälkeen vuonna 1827 myös yliopisto siirrettiin Helsinkiin. Helsingistä kehkeytyi hallinto-, yliopisto- ja varuskuntakaupunki, ja se kasvoi maan todelliseksi teollisuuskeskukseksi. Vuonna 1840 kaupungin väkiluku oli noussut noin 20 000:een asukkaaseen.

Teollistumisen ja elinkeinojen harjoittamisen vapautumisen myötä Helsinki kasvoi voimakkaasti 1800-luvun lopussa. Väljät ja matalat puutalokorttelit korvattiin vähitellen monikerroksisilla kivitaloilla. Kaupunki alkoi myös laajentua sisämaahaan, ja uusia kaupunginosia suunniteltiin ja rakennettiin. Helsingin asukasluku oli 1910-luvulla jo yli 100 000.

1900-luvun alussa suomen- ja ruotsinkielisiä oli Helsingissä suunnilleen yhtä paljon, ja työläisistä enemmistö oli suomenkielisiä. Stadin slangi kehittyi lasten ja nuorten keskuudessa suomalais-ruotsalaisena sekakielenä 1890-luvulta alkaen. 1950-luvulta lähtien slangi alkoi voimakkaasti suomalaistua. 

Helsingistä tuli itsenäisen Suomen pääkaupunki joulukuussa 1917. Suomen sisällissota puhkesi tammikuussa 1918, kun Hakaniemessä Helsingin työväentalon torniin sytytettiin punainen lyhty vallankumouksen alkamisen merkiksi. Punakaarti otti kaupungin haltuunsa, ja senaatti joutui lähtemään evakkoon Vaasaan. Saksalaiset valtasivat Helsingin huhtikuussa 1918, ja Mannerheimin johtama valkoinen armeija saapui Helsinkiin seuraavassa kuussa.

Toisen maailmansodan aikana Helsinki joutui useaan Neuvostoliiton suurpommitukseen, mutta selvisi tehokkaan ilmapuolustuksen ansiosta suhteellisen pienin vaurioin. Esimerkiksi Helsingin suurpommitukset helmikuussa 1944 torjuttiin melko pienin tappioin. Lontoon ja Moskovan ohella Helsinki jäi ainoaksi sotaan osallistuneen eurooppalaisen maan pääkaupungiksi, jota ei valloitettu.

Sodan jälkeen Huopalahden, Oulunkylän ja Kulosaaren maalaiskunnat, Haagan kauppala ja merkittävä osa Helsingin pitäjästä liitettiin kaupunkiin. Esikaupunkialueet olivat aiemmin vastustaneet liitosta, mutta väestön nopea kasvu pakotti siihen. Liitosten seurauksena Helsingin pinta-ala viisinkertaistui ja asukasluku kasvoi 51 prosentilla.

Helsinki kasvoi sodan jälkeen nopeasti, ja asukasluku nousi yli puolen miljoonan vuonna 1965. Helsinkiä uudisrakennettiin runsaasti 1970- ja 1980-luvuilla, ja tiivistä kaupunkirakennetta nousi muun muassa Malmille, Tapanilaan, Puistolaan ja itäisiin esikaupunkeihin. Keskusta-alueella asui 1970-luvulla lähinnä vanhuksia, mutta 1990-luvulla nuoriso alkoi muuttaa uudelleen kantakaupunkiin. Samalla sotien jälkeen lähiöihin muuttanut väestö on vanhentunut.

Vuonna 1952 pidettiin Helsingin olympialaiset ja vuonna 1975 Euroopan turvallisuus- ja yhteistyökonferenssin (ETYK) huippukokous. Vuonna 1982 avattiin Helsingin metro. Vuonna 2000 Helsinki oli yksi Euroopan kulttuuripääkaupungeista.

Nähtävyydet